Los primeros vestigios aparecidos por la zona corresponden al Paleolítico inferior. En la Edad de Bronce aparece ya una importante actividad ya que han aparecido estelas o losas de piedra donde se hacían grabaciones. A finales del último milenio antes de Cristo, se desarrolla la industria metalúrgica de bronce y oro. Se confirma la existencia de un importante flujo humano en las zonas próximas a Moraleja, sobre todo siguiendo el curso del río Alagón.

Vetones y lusitanos se distribuían el territorio en tiempos prerromanos, no se sabe muy bien los ámbitos territoriales de ambas etnias, aunque parece que en la Sierra de Gata los lusitanos ocuparían la zona occidental, mientras que los vetones estarían en la parte oriental. Ambos pueblos ofrecieron gran resistencia a la penetración romana, cesando tras el asesinato de Viriato (139 a.C.), época en la que las tierras se suman al proceso.

En tiempos de Augusto, con la división administrativa de la Hispania Ulterior, la comarca de Moraleja se incluye en la provincia de Lusitania, y más concretamente en el Conventus Emeritensis, destacando en el área de la Sierra de Gata las ciudades de Mirobriga (Ciudad Rodrigo), Caurium (Coria), Capera (Caparra). Precisamente Coria, vecina de Moraleja, ofrece monumentos tan singulares como su magnífica muralla romana, así como un buen número de inscripciones funerarias y algunos restos escultóricos. Si bien Moraleja no conserva restos romanos de carácter monumental, al menos existen algunos testimonios epigráficos que informan de un cierto grado de actividad en época romana, aunque no podemos saber si se trata de un núcleo con vitalidad propia o bien correspondiente al área de expansión de la ciudad romana de Coria.

Así podemos ver cómo en la época romana la zona de Moraleja experimente un progresivo poblamiento, con asientos estables, al menos en el ámbito rural, determinado posiblemente por la explotación agrícola de su tierra. Además, hemos de tener en cuenta que posiblemente por las inmediaciones del asentamiento actual de Moraleja transcurriría la calzada romana que iba desde Alconétar hasta Caurium y desde allí, atravesando la Sierra hasta Mirobriga. Esta calzada es más conocida en su etapa medieval, identificándose entonces con el nombre de vía Dalmacia.